Sông Sắt chảy qua 3 huyện Bình Lục, Vụ Bản và Ý Yên nhưng điểm khởi đầu và kết thúc lại tiếp giáp với huyện Lý Nhân (trên sông Châu Giang) và thành phố Ninh Bình (trên sông Đáy).

Sông rút nước sông Châu Giang rồi chảy vào Bình Lục lần lượt qua các xã bên tả là Hưng Công, Bối Cầu, Trung Lương; các xã bên hữu là Đồng Du, An Mỹ, An Đổ, Tiêu Động, An Lão.

Qua Bình Lục, Sông vào ranh giới giữa Vụ Bản với Bình Lục và Ý Yên với bên tả ngạn thuộc các xã Minh Thuận, Tân Khanh, Minh Tân thuộc Vụ Bản; bên hữu là Yên Lợi, Yên Minh, Yên Mỹ, Yên Ninh thuộc Ý Yên.

Xuyên vào huyện Ý Yên, sông chảy qua các xã bên tả ngạn là Yên Lương, Yên Thắng, Yên Đồng, Yên Trị và qua các xã bên hữu là Yên Tiến, Yên Khang.